วิธีการตรวจสอบทางด้านจุลินทรีย์จะตรวจสอบ ๒ วิธีดังนี้

๑. การตรวจนับจำนวนจุลินทรีย์ทั้งหมด โดยวิธี Standard plate count

๒. วิเคราะห์หาปริมาณ Coliform bacteria และ E.coli