จากแนวคิดและหลักการของการตั้งวิทยาเขตขนาดเล็กตามที่กล่าวไว้ข้างต้น จึงจัดให้มีหน่วยงานทางการศึกษาเพียง 3 หน่วยงาน เพื่อบริหารหลักสูตร จัดการเรียนการสอนและการฝึกอบรม และ 1 หน่วยงานวิจัย เพื่อการค้นคว้าวิจัย สนับสนุนการพัฒนาทั้งของภาครัฐและเอกชนโดยได้จัดโครงสร้างดังนี้
โครงสร้างการแบ่งส่วนราชการ วิทยาเขตศรีราชา
สำนักงานวิทยาเขต
สำนักบริหารวิทยาการ
คณะวิทยาการจัดการ
คณะทรัพยากรและสิ่งแวดล้อม
คณะเทคโนโลยีอุตสาหกรรม
การบริหารหลักสูตร
วิทยาเขตศรีราชาเป็นวิทยาเขตขนาดเล็ก มีหน่วยงานจัดการศึกษาระดับคณะวิชาเพียง
3 หน่วยงาน ฉะนั้น เพื่อให้การบริหารหลักสูตรและการจัดการเรียนการสอนบรรลุวัตถุประสงค์ข้างต้นได้ จึงกำหนดให้ใช้รูปแบบ "การบริหารโครงการ" (Programs Management) แทนการบริหารโดยระบบภาควิชา ซึ่งจะทำให้มีความยืดหยุ่นและคล่องตัวในการบริหารหลักสูตรและการจัดการเรียนการสอน การเปิดรับนิสิตในแต่ละสาขาวิชานั้นหากเป็นสาขาวิชาที่มหาวิทยาลัยมีหลักสูตรอยู่แล้วก็ใช้หลักสูตรตามความต้องการและความเหมาะสมของภูมิภาค ในการจัดการเรียนการสอนจักได้จัดทำแผนการเรียนแต่ละหลักสูตรให้เหมาะสมและสอดคล้องกับสภาพของท้องถิ่นและสามารถรองรับการจ้างงาน ทั้งนี้ยังคงรักษามาตรฐานการศึกษาไม่น้อยกว่าที่เป็นอยู่ในปัจจุบัน
ความร่วมมือระหว่างวิทยาเขตกับหน่วยงานภายนอก
โดยวัตถุประสงค์และแนวคิดของการตั้งวิทยาเขตศรีราชา มุ่งเน้นความสัมพันธ์และความร่วมมือของสถาบันการศึกษากับภาคเอกชนอย่างใกล้ชิด ทั้งในเรื่องที่เกี่ยวกับความต้องการกำลังคนของสาขาต่างๆ การจัดการเรียนการสอนโดยเฉพาะภาคปฏิบัติการ ซึ่งนิสิตควรจะได้เรียนและฝึกฝนจากสภาพที่เป็นจริงให้มากที่สุด ตลอดจนความร่วมมือทางด้านการวิจัย และการฝึกอบรม เพื่อเสริมสร้างทักษะความรู้และเทคโนโลยีใหม่ ๆ ซึ่งได้กำหนดแนวทางไว้ดังนี้
1. กิจกรรมสัมพันธ์ทางด้านนโยบาย จะเปิดโอกาสให้ผู้นำในสาขาต่างๆ ทั้งทางเศรษฐกิจและสังคมเข้าเป็นกรรมการในระดับบริหารของสถาบัน
2. กิจกรรมสัมพันธ์ทางด้านการเรียนการสอน เนื่องจากมีผู้จบการศึกษาขั้นสูงทำงานอยู่ในภาคเอกชนในเขตภูมิภาคตะวันออกเป็นจำนวนมาก และในภาคการผลิตมีการใช้เครื่องจักรกลและเทคโนโลยี
ที่ค่อนข้างก้าวหน้า จึงได้ประสานให้เกิดความร่วมมือในการผลิตและพัฒนากำลังคนร่วมกัน รวมทั้งการใช้ทรัพยากรบุคคลในรูปที่เป็น External Staff ของวิทยาลัยหรือสำนักวิชา
3. กิจกรรมสัมพันธ์ทางด้านการฝึกอบรม จะเป็นการดำเนินกิจกรรมร่วมกันอย่างใกล้ชิดระหว่างหน่วยงานระดับพัฒนาทรัพยกรมนุษย์ของแต่ละกิจกรรมทั้งในภาครัฐและเอกชนร่วมกับวิทยาลัย ในการจัดการฝึกอบรมในประเภทโครงการต่าง ๆ ซึ่งจะได้จัดทำแผนดำเนินการเป็นรายปี
4. กิจกรรมสัมพันธ์ทางด้านการวิจัยและพัฒนา ซึ่งจะมีการประสานและร่วมมือกันอย่างใกล้ชิดระหว่างทีมงานด้านการวิจัยในสาขาต่างๆ ของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ กับทีมงานในฝ่ายการผลิต ฝ่ายการบริหารในการสรรค์สร้าง ประยุกต์ ปรับแปลง คิดค้น หรือการพัฒนาระบบต้นแบบ เพื่อการพัฒนาสาขาการผลิตและบริการต่าง ๆ
5. กิจกรรมสัมพันธ์ทางด้านการให้บริการ ซึ่งวิทยาเขตจะจัดให้หน่วยงานของวิทยาลัยและสำนักวิชาให้บริการสาธารณะ ทั้งทางด้านข้อมูล