ขั้นตอนการทำงานการศึกษาและจำแนกสายพันธุ์พืชโดยการวิเคราะห์ไอโซไซม์ แบ่งเป็นขั้นตอนใหญ่ ๆ ดังนี้
๑. การเก็บตัวอย่างพืชเพื่อการวิเคราะห์ไอโซไซม์
เนื่องจากพืชแต่ละชนิด ส่วนต่าง ๆ ที่จะแสดงผลของเอ็นไซม์จะแตกต่างกันไปตามชิ้นส่วนและอวัยวะของพืช แต่เรามักจะใช้ส่วนของพืชที่มีเนื้อเยื่อเจริญอยู่ และมีชีวิต ซึ่งจะแสดงผลการทำงานของเอ็นไซม์ให้เห็นได้ชัดเจนมากขึ้นกว่าเนื้อเยื่อที่ตายแล้ว อายุของพืชที่ต้องการเปรียบเทียบ ควรมีอายุเท่ากัน และถ้าเป็นพืชที่ยังไม่เคยมีรายงานการวิเคราะห์ไอโซไซม์มาก่อน การเก็บตัวอย่างควรเก็บทำชิ้นส่วนเท่าที่เป็นไปได้ ดังรายละเอียดที่จะกล่าวถึงต่อไป
ชิ้นส่วนของพืชที่ใช้เพื่อการวิเคราะห์ไอโซไซม์แบ่งออกเป็น ๔ ประเภท ได้แก่
๑. เมล็ด เช่น ข้าว ถั่ว สน ฯลฯ
๒. ใบอ่อน เช่น ขนุน หวาย มะตูม ฯลฯ
๓. ใบแก่ เช่น มะม่วง อ้อย ฯลฯ
๔. ต้นกล้า เช่น ข้าว ถั่ว ฯลฯ
๑. เมล็ด ไม่มีข้อยุ่งยากในการเก็บตัวอย่าง เพราะอาจจะนำเมล็ดมาเพาะให้เป็นต้นกล้าอีกครั้งก่อนที่จะนำมาสกัด หรือใช้เมล็ดโดยตรง ปริมาณตัวอย่างตั้งแต่ ๕๐-๑๐๐ เมล็ดต่อหนึ่งตัวอย่างพืชเมล็ดควรเป็นเมล็ดที่สมบูรณ์ ปราศจากเชื้อราหรือสิ่งสกปรกที่สามารถมองเห็นได้
๒. ใบอ่อน ในกรณีที่เป็นไม้ยืนต้นให้ตัดกิ่งที่มีส่วนของใบอ่อนอยู่ ปริมาณพอสมควรขึ้นอยู่กับขนาดของใบ ถ้าใบใหญ่ก็ไม่ต้องใช้มาก ถ้าเป็นใบเล็กหรือเป็นไม้ล้มลุก ให้เก็บมาไม่ต่ำกว่า ๕ กรัมต่อหนึ่งตัวอย่างพืช เลือกใบที่สมบูรณ์ ไม่ควรฉีกขาดหรือมีแมลงและโรคกัดกิน แล้วเก็บในที่