ข้อจำกัดของระบบการปลูกพืชโดยปราศจากดิน

๑. ถ้าปลูกน้อยไม่ค่อยมีปัญหาเรื่องการเปลี่ยนแปลงความเข้มข้นของสารละลายอาหารพืช แม้พืชโตขึ้นจะใช้สารอาหารมากขึ้นก็ตาม พออนุโลมให้ใช้ได้ แต่ถ้าปลูกมาก ๆ จะมีปัญหาควรจะต้องตรวจสอบเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงความเข้มข้นของสารละลาย เพราะจะลดลงอย่างรวดเร็ว อาจต้องใช้เครื่องมือวัดหรือจากตารางกำหนดที่ได้มีการทดสอบมาแล้ว ซึ่งถือว่าอาจเป็นปัญหาด้านการจัดการ เพราะอย่างน้อยควรตรวจสอบทุกสัปดาห์

๒. ขนาดของกล้าที่ปลูก ถึงแม้เป็นพืชชนิดเดียวกัน แต่ถ้าขนาดของกล้าที่ปลูกต่างกันมาก ความเข้มข้นของสารละลายที่ใช้ควรจะแตกต่างกัน ทั้งนี้เพราะความเข้มข้นของสารละลายคงที่ ซึ่งพืชที่โตกว่าจะดูดธาตุอาหารได้ดีกว่าอาจทำให้เกิดผลกระทบกับต้นกล้าที่เล็กกว่านอกจาก ใส่สารละลายอาหาร