บ่อหมัก จะขุดเป็นบ่อในดิน หรือทำเป็นถังตั้งไว้บนพื้นดินก็ได้ ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับระดับน้ำใต้ดิน จะอยู่ต้นหรือลึกจากระดับผิวดินมากน้อยเพียงใด บ่อหมักชนิดที่ฝังไว้ในดินไม่ควรจะลึกเกินกว่า ๓.๐ เมตรจากระดับผิวดิน ระดับก้นบ่อควรจะอยู่สูงกว่าระดับน้ำใต้ดินไม่น้อยกว่า ๕๐ เซนติเมตร ส่วนในท้องที่ที่ระดับน้ำใต้ดินอยู่ใกล้ผิวดิน ควรสร้างเป็นบ่อตั้งไว้บนพื้นดิน บ่อหมักหรือถังหมักต้องป้องกันน้ำซึมได้ เช่นทำด้วยคอนกรีตเสริมเหล็ก ก่ออิฐฉาบปูนซีเมนต์ หรือ ทำด้วยโลหะ เป็นต้น
ความจุของบ่อหมัก
บ่อที่มีขนาดเล็กที่สุดควรมีความจุอย่างน้อย ๕๐๐ ลิตร ( ๒๕ ) ปีบ บ่อหมักที่มีความจุน้อยเกินไปจะให้แก๊สมีปริมาณไม่พอเพียง ถ้ามีความประสงค์ที่จะกำจัดมูลสัตว์เลี้ยงที่เกิดขึ้นในแต่ละวันให้ได้ทั้งหมดด้วยการหมัก ความจุของบ่อหมักจะต้องมีปริมาตร ไม่น้อยกว่า ๖๐ เท่าของปริมาณมูลสัตว์ที่เกิดขึ้นในแต่ละวัน ซึ่งจะทำให้มูลสัตว์นั้นย่อยสลายได้สมบูรณ์ และมีปริมาณของแก๊สเกิดขึ้นอย่างพอเพียงด้วย
ส่วนประกอบที่จำเป็นบางอย่าง
ก. ที่เติมมูลสัตว์ เนื่องจากต้องมีการเติมมูลสัตว์ผสมน้ำลงไปไนบ่อหมักเป็นครั้งคราว ดังนั้นจะต้องสร้างที่สำหรับเติมมูลสัตว์ไว้ด้วย ที่นิยมและใช้ได้ผลดีคือ ทำที่เติมมูลสัตว์ไว้ที่ปากถังหมักโดยใช้ท่อ ขนาด