ปัญหาและอุปสรรคในการเลี้ยงปลานิล คือ ปัญหาปลาสูญหาย ปัญหาพันธุ์ปลานิลลูกผสม ปัญหาปลานิลราคาต่ำ ปัญหาน้ำท่วม ปัญหาน้ำเสีย ปัญหาปลาไม่โต ปัญหาการขาดแคลนเงินทุน ปัญหาการใช้พื้นที่จำนวนมากเลี้ยงปลานิล ปัญหาภาษีที่ดินมีอัตราสูง ปัญหาดินเปรี้ยว ปัญหาราคาอาหารปลานิลแพง ปัญหาถูกเวนคืนที่ดิน ปัญหาคลองระบายน้ำตื้นเขิน และปัญหาเกษตรกรขาดความรู้เกี่ยวกับการเลี้ยงปลานิล

นอกจากนี้ปัญหากลิ่นเหม็นโคลนในเนื้อปลานิลยังเป็นอุปสรรคของการส่งออก ซึ่งแก้ไขได้โดยการเปลี่ยนน้ำพร้อมทั้งควบคุมคุณภาพน้ำและอาหารที่เลี้ยงปลาในช่วงก่อนจับ ประมาณ ๓ วัน