ต้นทุนการผลิตปลานิล ๑ กิโลกรัมในฟาร์มเลี้ยงขนาด ๑-๓ ไร่ ประกอบด้วยต้นทุนคงที่ได้แก่ ที่ดิน ค่าขุดบ่อ เครื่องสูบน้ำ ฯลฯ มูลค่า ๑๐-๑๒ บาท และต้นทุนผันแปร ได้แก่ พันธุ์ปลา ค่าอาหาร น้ำมันเชื้อเพลิง ฯลฯ มูลค่า ๔-๖ บาท รวมเป็นต้นทุนทั้งสิ้น ๑๔-๑๘ บาท ต่อผลผลิตปลานิล ๑ กิโลกรัม

จากข้อมูลพบว่าถ้าเลี้ยงปลานิลด้วยอาหารสมทบเพียงอย่างเดียว จะทำให้ต้นทุนการผลิตสูงกว่าราคาตลาด ดังนั้น เกษตรกรควรเลี้ยงปลานิลร่วมกับปลาชนิดอื่น ๆ โดยเฉพาะการเลี้ยงร่วมกับสัตว์บกหรือใช้น้ำจากบ่อปลากินเนื้อ เช่น ปลาดุก ปลาช่อน ซึ่งมีเศษอาหารและปุ๋ยสำหรับพืชน้ำ ซึ่งเป็นอาหารของปลานิล นอกจากนี้การใช้แรงงานในครอบครัวจะเป็นแนวทางลดต้นทุนการผลิตได้อีกทางหนึ่ง