การเพาะพันธุ์ปลานิลให้ได้ผลดีและมีประสิทธิภาพ ต้องได้รับการเอาใจใส่และมีการปฏิบัติในด้านต่าง ๆ เช่น การเตรียมบ่อ การเลี้ยงพ่อแม่พันธุ์ การตรวจสอบลูกปลา และการอนุบาลลูกปลา สำหรับการเพาะปลานิลอาจทำได้ทั้งในบ่อดินและบ่อปูนซีเมนต์ และ กระชังไนล่อนตาถี่ ดังวิธีการต่อไปนี้

การเตรียมบ่อเพาะพันธุ์ การคัดเลือกพันธุ์ อัตราส่วนที่ปล่อยพ่อแม่ปลาลงเพาะ การให้อาหารและปุ๋ยในบ่อเพาะพันธุ์

บ่อดิน บ่อเพาะปลานิลควรเป็นบ่อรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า มีเนื้อที่ตั้งแต่ ๕๐-๑,๖๐๐ ตารางเมตร สามารถเก็บกักน้ำได้ระดับสูง ๑ เมตร บ่อควรมีเชิงลาดตามความเหมาะสม เพื่อป้องกันดินพังทะลาย และมีชานบ่อกว้าง ๑-๒ เมตร ถ้าเป็นบ่อเก่าก็ควรวิดน้ำและสาดเลนขึ้น ตกแต่งภายในบ่อให้ดินแน่น ใส่โล่ติ๊นกำจัดศัตรูของปลาอัตราส่วนใช้โล่ติ๊นแห้ง ๑ กก./ปริมาตรของน้ำ ๑๐๐ ลูกบาศก์เมตร โรยปูนขาวให้ทั่วบ่อ ๑ กก./พื้นที่บ่อ ๑๐ ตรม. ใส่ปุ๋ยคอกแห้ง ๓๐๐ กก./ไร่ ตากบ่อทิ้งไว้ประมาณ ๒-๓ วัน จึงเปิดหรือสูบน้ำเข้าบ่อผ่านผ้ากรองหรือตะแกรงตาถี่ให้มีระดับสูงประมาณ ๑ เมตร การใช้บ่อดินเพาะปลานิลจะมีประสิทธิภาพดีกว่าวิธีอื่น เพราะเป็นบ่อที่มีลักษณะคล้ายคลึงตามธรรมชาติ และการผลิตลูกปลานิลจากบ่อดินจะได้ผลผลิตสูง ต้นทุนต่ำกว่าวิธีอื่น

บ่อปูนซีเมนต์ ก็สามารถใช้ผลิตลูกปลานิลได้ รูปร่างของบ่อจะเป็นสี่เหลี่ยมผืนผ้า หรือรูปกลมก็ได้ มีความลึกประมาณ ๑ เมตร พื้นที่ผิวน้ำตั้งแต่ ๑๐ ตารางเมตร ขึ้น ทำความสะอาดบ่อและเติมน้ำที่กรองด้วยผ้าไนล่อนหรือมุ้งลวดตาถี่ ให้มีระดับน้ำสูงประมาณ ๘๐ ซม. ถ้าใช้เครื่องเป่าลมช่วยเพิ่มออกซิเจนในน้ำ จะทำให้การเพาะปลานิลด้วยวิธีนี้ได้ผลมากขึ้น อนึ่ง การเพาะปลานิลด้วยบ่อซีเมนต์ ถ้าจะให้ได้ลูกปลามากก็ต้องใช้บ่อขนาดใหญ่ ซึ่งต้องเสียค่าใช้จ่ายในการลงทุนสูง

กระชังไนล่อนตาถี่ ขนาดของกระชังที่ใช้ประมาณ ๕ x ๘ x ๒ เมตร วางกระชังในบ่อดินหรือในหนองบึง อ่างเก็บน้ำ ให้พื้นกระชังอยู่ต่ำกว่าระดับน้ำ ประ มาณ ๑ เมตร ใช้หลักไม้ ๔ หลัก ผูกตรงมุม ๔ มุม ยึดปากและพื้นกระชังให้แน่น เพื่อให้กระชังขึงตึง การเพาะปลานิลด้วยวิธีนี้มีความเหมาะสมที่จะใช้ผลิตลูกปลาในกรณีซึ่งเกษตรกรไม่มีพื้นที่ดินก็สามารถจะเลี้ยงปลาได้ เช่น เลี้ยงในอ่างเก็บน้ำหนองบึงและลำน้ำต่าง ๆ เป็นต้น

การคัดเลือกพ่อแม่ปลานิล จากการสังเกตจากลักษณะภายนอกของปลาที่สมบูรณ์ปราศจากเชื้อโรคและบาดแผล สำหรับพ่อแม่ปลาที่พร้อมจะวางไข่นั้นสังเกตได้จากอวัยวะเพศถ้าเป็นปลาตัวเมียและมีสีชมพูแดงเรื่อ ส่วนปลาตัวผู้ก็สังเกตได้จากสีของตัวปลาที่เข้มสดโดยเปรียบเทียบกับปลานิลตัวผู้อื่น ๆ ที่จับขึ้นมา ขนาดของปลาตัวผู้และตัวเมียควรมีขนาดไล่เลี่ยกันคือมีความยาวตั้งแต่ ๑๕-๒๕ เซนติเมตร น้ำหนักตั้งแต่ ๑๕๐-๒๐๐ กรัม

ปริมาณพ่อแม่ปลาที่จะนำไปปล่อยในบ่อเพาะ ๑ ตัว/๔ ตารางเมตร หรือไร่ละจำนวน ๔๐๐ ตัว ควรปล่อยในอัตราส่วนพ่อปลา ๒ ตัว/แม่ปลา ๓ ตัว เนื่องจากได้สังเกตจากพฤติกรรมในการผสมพันธุ์ของปลาชนิดนี้ ปลาตัวผู้มีสมรรถภาพที่จะผสมพันธุ์กับปลาตัวเมียอื่น ๆ ได้อีก ดังนั้นการเพิ่มอัตราส่วนของปลาตัวเมียให้มากขึ้นคาดว่าจะได้ลูกปลานิลเพิ่มขึ้นส่วนการเพาะปลานิลในกระชังใช้อัตราส่วนของปลา ๖ ตัว/ตารางเมตร โดยใช้ตัวผู้ ๑ ตัว/ตัวเมีย ๓-๕ ตัว การเพาะปลานิลแต่ละรุ่นจะใช้เวลาประมาณ ๒ เดือน จึงเปลี่ยนพ่อแม่ปลารุ่นใหม่ต่อไป

การเลี้ยงปลานิลมีความจำเป็นที่จะต้องให้อาหารสมทบ หรืออาหารผสม ได้แก่ ปลายข้าว สาหร่าย รำละเอียด ในอัตราส่วน ๑:๒:๓ โดยให้อาหารดังกล่าวแก่พ่อแม่ปลานิลประมาณ ๒% ของน้ำหนักตัว ทั้งนี้เพื่อให้ปลานิลใช้เป็นพลังงาน ซึ่งต้องใช้มากกว่าในช่วงการผสมพันธุ์ส่วนปุ๋ยคอกแห้งก็ต้องใส่ในอัตราส่วนประมาณ ๑๐๐-๒๐๐ กก./ไร่/เดือน ทั้งนี้เพื่อเพิ่มพูนอาหารธรรมชาติในบ่อได้แก่ พืชน้ำขนาดเล็ก ๆ ไร่น้ำ และตัวอ่อน อันจะเป็นประโยชน์ต่อลูกปลานิลวัยอ่อนที่หลังจากถุงอาหารยุบตัวลง และจะต้องดำรงชีวิตอยู่ในพ่อเพาะดังกล่าวประมาณ ๑ สัปดาห์ ก่อนที่จะย้ายไปเลี้ยงในบ่ออนุบาล ถ้าในบ่อขาดอาหารธรรมชาติดังกล่าวผลผลิตลูกปลานิลจะได้น้อย เพราะขาดอาหารที่จำเป็นเบื้องต้นหลังจากถุงอาหารได้ยุบตัวลงใหม่ ๆ ก่อนที่ลูกปลานิลจะสามารถกินอาหารสมทบอื่น ๆ ได้ อาหารสมทบที่หาได้ง่ายคือ รำข้าว ซึ่งควรปรับปรุงคุณภาพให้ดียิ่งขึ้นโดยใช้ปลาป่น กากถั่ว และวิตามินเป็นส่วนผสม นอกจากนี้แหนเป็ดและสาหร่ายหลายชนิดก็สามารถจะใช้เป็นอาหารเสริมแก่พ่อแม่ปลานิลได้เป็นอย่างดี ในกรณีที่ใช้กระชังไนล่อนตาถี่เพาะพันธุ์ปลานิลก็ควรให้อาหารสมทบแก่พ่อแม่ปลาอย่างเดียว